三条・南蒲原大水害は、鉄道にも大きな影響をもたらした。上越新幹線は何ら運転抑止など影響はなかったが、在来線各線は運転見合わせが相次いだ。時系列でその状況を追ってみると、まず13日7時40分、越後線・柏崎−吉田間、磐越西線・郡山−馬下間が運転抑止された。続いて、9時30分には只見線・小出−会津坂下間、9時34分には信越本線・柏崎−新津間が運転抑止された。つまり、新潟、新津、加茂、三条、見附、長岡、柏崎という地方中小都市間の鉄道ルートが完全に遮断された。長岡−新潟間については、定期券利用者を中心に上越新幹線への振替乗車が認められ、東三条駅の機能を燕三条駅が代替した。18時37分には弥彦線・吉田−東三条間も運転を抑止し、新潟県中央部の鉄道網は越後線・吉田−新潟間と信越本線・新津−新潟間のみしか機能しなくなった。

　三条市内の五十嵐川の堤防決壊により、三条駅は床上浸水し、東光寺駅も水に襲われた。特に三条駅周辺は最深2m近く水に浸かり、翌日まで水は引かなかった。また、警戒水位を超えた五十嵐川に架かる信越本線の鉄橋は激しい濁流に耐えた。

　これらの運転抑止は、抑止区間だけでなく、夜行列車を中心に運休という形で影響を及ぼした。

〈13日の夜行列車の運休〉

• 寝台特急〔日本海〕（大阪−青森・函館間）上下4本
• 寝台特急〔北陸〕（上野−金沢間）上下2本
• 寝台特急〔トワイライトエクスプレス〕（大阪−札幌間）
  上りは五稜郭で運転打ち切り、下りは直江津で運転打ち切り
• 急行〔能登〕（上野−金沢間）上下2本
• 急行〔きたぐに〕（大阪−新潟間）上下2本
• 快速〔ムーンライトえちご〕（新宿−新潟間）上下2本

　これらの区間では14日は1本の列車も運転されず、15日の始発までに越後線、弥彦線、磐越西線が運転を再開したが、信越本線は線路冠水や変電所の冠水、道床の流失の被害がひどく、15日20時12分に運転を再開した。日本海縦貫線の一翼を担う信越本線は34時間38時間ぶりに機能を回復した。

　16日、17日も集中豪雨で各線に運転見合わせで相次いだ。